大澤絵里子（天海祐希）ら、｢対策室｣のメンバーは、世界各国の首脳が出席する環境サミットの警備に参加することが決まった。
そんななか、木元真実（戸田恵梨香）が対策室に復帰。山村啓輔（温水洋一）、花形一平（溝端淳平）、岩井善治（ケンドーコバヤシ）らは盛り上がる。
そこへ、事件が起こったと絵里子がやって来た。殺害されたのは、有名商社勤務の男性で、自宅マンションの屋上でルームランナーに仕掛けられた爆弾により爆死したという。また、その１週間前にも、別の有名商社勤務の男性が公園で爆死していることもわかった。
絵里子は、この事件が２年前の国家公安委員長・黒原健蔵（西田敏行）狙撃事件に関連する可能性があると示唆。当時、黒原を狙撃したのは、高倉龍平（反町隆史）が率いるテロ組織「黒い月」だと推測されたが、真実らの調べで、それが別の組織の犯行である可能性が高いと判明。真相を探るため、絵里子は警察の裏金問題に関連がない新島署に真実を派遣、捜査させていたのだ。
真実は、そこである重要な文書を入手したと言い、その解析にかかることになった。さらに、真実は、最近発見された身元不明のふたつの遺体が、黒い月の幹部に酷似していることも突き止めた。黒い月と、爆死した男性ふたりが勤務した商社が、過去に関連があることからも、絵里子は、爆死事件にも黒い月が関連している可能性がある、と話した。
同じ頃、公園での爆死を調べていた花形に、監視カメラの映像から照合されたレンタカーの持ち主について連絡が入った。花形が、「藤森俊夫」と書いたのを見て、片桐琢磨（玉山鉄二）は息を飲んだ。それが、交際中の藤森楓（木南晴夏）の父親と思われたからだ。
身元不明の遺体を調べていた真実は、ふたりの遺留品から高倉の指紋が出た、と絵里子に報告した。
調べが進むうち、爆死したふたりは同じ銀行からの出向で、同時期に同じ支店にいたことがわかった。かつて、ふたりは融資部門のやり手で、貸し渋り、貸しはがしといった手段で、地元の中小・零細企業を多く倒産や廃業に追い込んでいた。そのうち事件との関連が推測されたのが、「桑原工業」と楓の父・俊夫（西岡徳馬）が経営する「藤森機器」だった。そのふたつの企業も、銀行の貸しはがしに遭っていたのだ。
片桐と花形は、「桑原工業」の元経営者・桑原武雄（田窪一世）に会いに行くが、桑原は末期の病気で入院中だった。そして、花形が藤森に会いに行こうとすると、片桐があとは自分が調べると言い残し立ち去った。
その頃、爆死事件に関連してスタンガンの購入者リストを調べていた黒原理香（成海璃子）が、購入者のなかに藤森がいたことを発見した。もはや、藤森の関与に疑いがなくなったなか、片桐は絵里子にすべてを打ち明けた。
絵里子は、藤森の捜査令状を取り、山村と岩井が藤森の滞在するホテルへと向かったが、藤森はホテルを出た後だった。報告を受けた絵里子は、藤森は逃走する前に必ず寄るところがある、と断言。指示を受けた片桐は、アパートから出てきた楓に声をかけた。楓は、これから父親とカフェで会うことになっていると話し、片桐も同席することに。しかし、約束の時間を過ぎても藤森は現れなかった。やがて、楓は、片桐に父親にメールを送り逃がしたことを告白。片桐が刑事であることも父親から聞いていたと言う。
すると、そこに絵里子が現れ、藤森の身柄が確保されたと告げた。藤森は、病院に桑原を訪ねていたのだ。絵里子は、事件の首謀者は桑原で、藤森はかつての仲間の頼みを聞きいれ殺人をほう助したのだろう、と説明。そして、楓も警察に連行されていった。その姿に、片桐は胸を痛め――。
その日の夜、絵里子と真実は、爆死事件が黒い月とは無関係だったことを確認した。そこへ、野立が来て、以前、黒い月が使っていた銃と同じ線条痕が残る遺体が出たと報告。それを聞いた真実は、すぐに遺体の確認に向かった。そして、その遺体のDNAデータが、高倉のものと一致することを確認、絵里子に報告した。
同じ頃、バーで酔いつぶれていた片桐の元に覚せい剤取締法違反による逮捕状が出たと刑事がやってきた。また、酔った山村を背負いマンションに戻った岩井の部屋には、血まみれの男の死体が横たわっていた。さらに、絵里子までもが、業務上横領の疑いで、野立の眼前で逮捕された。
その頃、夜道を歩いていた花形は、一緒にいた幸子に突然、撃たれ道端に倒れこんだ。すると、そこに森岡博（大森南朋）が現われた。森岡は、「よくやった」と幸子に声をかけ…。
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タグ：BOSS 2ndシーズン
