それぞれ立場は違うが、一つの事件が解決されたことで、同じ刑事として心を通い合わせる安積（佐々木蔵之介）と高野警部（宇梶剛士）。村雨（中村俊介）と3人で、いつもの屋台でお互いの労をねぎらっていたそのとき、安積の背中に赤いレーザーの光が。「危ない！」と、それにいち早く気がついた高野が、安積と村雨に飛びかかった。その瞬間、銃声が！
すぐに起き上がり、周囲を警戒する安積と村雨だが、2人をかばった高野は絶命していた…。
その翌日、警視庁から日下部管理官（小木茂光）と滝本警部（津田寛治）らが、神南署を訪れると、安積は昨晩の状況と、3ヶ月前から送られ続けていた不審物について明かす。事件を重くみた日下部と滝本は、安積を狙った可能性が高い以上、安積を捜査から外し重要参考人として謹慎を命じる。
神南署に捜査本部が設置されると、安積が関わりをもった過去の事件の関係者から調べ上げるとの捜査方針が打ち出された。安積に関する捜査は我々が適任だと、村雨ら安積班のメンバーが進言するが、私情が絡むと客観的な捜査ができないと滝本が一蹴。
ほどなく、謹慎中の安積の無念を晴らすため、村雨をはじめ、須田（塚地武雅）、水野（黒谷友香）、黒木（賀集利樹）、桜井（山口翔悟）らは、捜査本部に悟られないよう、独自の捜査を始める。
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