黒田康作（織田裕二）の調査は、霜村毅（香川照之）と悠木圭一（萩原聖人）の死、佐々木藍子（片瀬那奈）の逮捕をもって決着しようとしていた。政府は霜村たちの立てこもりがアトロンへの怒りのテロだったことを封印してしまう。
一週間後、安藤庸介（鹿賀丈史）は黒田を邦人テロ対策室本来の業務に戻そうとする。だが、黒田はまだ納得することが出来ずにいた。黒田は、アトロン訴訟の裏で動いていた黒幕の正体を掴んだのだ。そんな黒田に鴨下祐司（大倉孝二）から連絡が入る。鴨下は黒田に11年前の大使館立てこもり事件の犠牲となった霜村の妻、倫世（紺野まひる）の検死調書を極秘扱いにしたのは自分だと打ち明ける。そして、鴨下は西園寺守（田中圭）とともに黒田の調査への協力を申し出た。
黒田は、大垣利香子（柴咲コウ）に、近く行われる国連子供フォーラムの警備体制を調べるよう依頼。利香子は霜村たちの犠牲から警察官を辞めようと思っていたので断ってしまう。しかし、霜村が瑠衣（夏帆）に残したメッセージを聞く。その時に、事件はちゃんと調べるという瑠衣との約束を思い出す。そして、自ら黒田に協力を申し出、新居田一彦（田中哲司）の手も借りてフォーラム会場の図面を手に入れた。
黒田はさらに、ジョン（イ・ビョンホン）との情報交換から、大使館立てこもり事件の真実を知る。倫世は地元警察の流れ玉にあたったのではなく、暗殺されたのだった。黒田は、全てを公にするため観上祥子（草刈民代）にも協力を頼み国連子供フォーラムへと乗り込んだ。
フォーラムでは、斉藤修助外務大臣（近藤正臣）がスピーチに向かおうとしていた。その斉藤をジョンが呼び止め、駐日アメリカ公使から話があると連れて行く。公使はアメリカ国務長官から連絡だと斉藤を一室に招き入れた。部屋では、黒田が待ち構えていた。一方、会場では斉藤の代わりに、祥子がスピーチを始める。
祥子は各国の代表者やマスコミを前に、12年前を発端とするブライトン製薬とアメリカ及び日本政府の黒い陰謀を暴露した。テレビから流れる祥子のスピーチを背に、黒田はアトロンに関わって倫世が暗殺された事実を隠ぺいしたのは、斉藤だと突きつける。さらに危険性を知りながら矢田部元総理（平泉成）を動かしたのも斉藤だと続けた。当初は否定する斉藤だったが、黒田に当時の外交事情からの選択だったのだろうと言われ、ついに認めることに…。
こうして全てを公にした黒田は、利香子たちに別れも告げずに会場を後にする。
数週間後…黒田は新たな仕事を着手し始めていた
＃01 2011年1月13日「ドラマ史上空前のスケール!!舞台はシスコから東京へ。外交官黒田と地図オタク女刑事が国境を越えた怪事件に挑む!!」
＃02 2011年1月20日「今夜いよいよ東京編スタート!!」
＃03 2011年1月27日「迫る、再会の時」
＃04 2011年2月3日「王女誘拐事件の謎」
＃05 2011年2月10日「ついに、直接対決」
＃06 2011年2月17日「悲しき犯人逮捕」
＃07 2011年2月24日 「裏切り、切ない絆」
＃08 2011年3月3日「最後のターゲット」
＃09 2011年3月10日「今夜、明かされる!事件の全容」
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