黒田康作（織田裕二）と大垣利香子（柴咲コウ）は、霜村毅（香川照之）の潜伏先を突き止めるのだが、瑠衣（夏帆）の妨害で取り逃がしてしまう。その後、瑠衣も君島祐太朗（西島隆弘）とともに姿を消してしまった。
黒田は、斉藤修助外務大臣（近藤正臣）に呼び出されて、霜村に関する事件の調査を中止するよう命令される。しかし、黒田は西園寺守（田中圭）が独自に探し出した霜村のレポートを受け取り、再び調査に乗り出す。そんな黒田に新居田一彦管理官（田中哲司）が接触。公安に指揮権を奪われた新居田は、黒田に秘密裏の合同捜査を持ちかけてきたのだ。
新居田は逮捕された山路貴繁（岩松了）の自白だと、霜村の次の狙いがブライトン・ジャパンの新経営陣発表の時だと話す。黒田は、それまでに瑠衣と祐太朗に会いたいと利香子に連絡する。利香子は２人の潜伏先を追っていた。
黒田はジョン（イ・ビョンホン）に連絡して新たな調査を依頼。
一方、利香子は教会のシスターから瑠衣たちの目撃情報を得ていた。その日は日曜日。利香子は、教会の近くに瑠衣たちが通っていた中学校があることに気づく。中学校に向った利香子は瑠衣たちを発見。逃げようとするのだが、利香子の連絡でやってきた黒田に行く手を阻まれる。その時、祐太朗が倒れてしまった。
黒田は湊教授を殺害したのは祐太朗だろうと突きつける。祐太朗は全てを告白した。発見したアトロン薬害の新しい資料を基に、湊教授に霜村が話し合いを申し出たのだが拒否された。それを知った祐太朗が、弾みで湊教授を突き飛ばしてしまったのだ。その様子を柏田に見られ、脅されていたのだ。祐太朗が相談すると、霜村はアメリカから柏田と話すと帰ってくる。だが、霜村が柏田を殺害した可能性は否定されていた。
黒田は、祐太朗に霜村の次の目的を聞く。山路が告白したと言う黒田に、祐太朗は霜村の邪魔をするはずがないと否定。この時、黒田はブライトンの新経営陣発表の場が霜村の目的ではないと悟る。そして、新居田に矢田部誠一郎元総理（平泉成）が目標だと連絡した。
その頃、矢田部は外交会議に出席していた。会議場には、すでに霜村と佐々木藍子（片瀬那奈）が潜り込んでいる。また、観上祥子外務副大臣（草刈民代）は霜村への外務省の内通者が悠木圭一（萩原聖人）と知り、自首を促していた。圭一は、ブライトンに会社を乗っ取られた日和製薬社長のひとり息子。その後、社長夫婦は自殺。圭一は、会議が終わってから話をしようと祥子を促す。その途中、取り出した拳銃を祥子の背中に押し付けた。
霜村は、矢田部の控え室に潜入。やはり、拳銃を突きつけて…。
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