元厚生労働省の官僚、明石孝俊(春田純一)が、駐車場で射殺された。なぜか明石は女物のコートとウィッグを身につけて女装していた。明石は薬品会社からリベートを受け取って危険な副作用のある抗がん剤を認可した嫌疑で、東京地検から追及されていた人物だった。結局は明石の部下・神林悟(井上剛)の自殺で疑惑は幕引きとなり、不起訴になったものの、マスコミに追われて辞任。その後、京都市内のホテルに潜伏していることが発覚していた。
明石が潜伏していたホテルを捜索したところ、桐島孝作(船越英一郎)たちは、小包の空き箱と手紙を発見する。差出人は、明石の元部下で現在は市内の財団法人に天下りしている小野寺太郎(伊庭剛)となっているが、当の小野寺は「私が出したものではない」と迷惑そうに否定する。
そんなとき、東京地検検事・島田千恵(高橋ひとみ)が、桐島たちのもとに乗り込んできた。千恵はずっと明石を追ってきた検事で、捜査情報を逐一報告するよう言い渡す。
そんな中、監視カメラの映像から、射殺犯が判明。木下哲宏(加藤虎ノ介)という男だった。木下はかつて殺人容疑で逮捕起訴されたが、結局、遺体が見つからず、無罪になった男だった。桐島は、千恵が逮捕された木下を見て一瞬、表情を変えたことを見逃さなかった…。実は無実となった殺人事件を担当した検事は、ほかでもない千恵だった…!?
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