元検事で“平成の切り裂きジャック”とあだ名された死刑囚・浅倉（生瀬勝久）が脱獄。薫（寺脇康文）に連絡をとってきた。特命係時代、右京（水谷豊）とともに浅倉の正体を暴き、逮捕へと追い込んだ薫。「いったい何を考えているんだ!?」と、美和子（鈴木砂羽）とともに浅倉が隠れている場所へと駆けつけた薫は、浅倉に怒りをぶつける。そんな薫に浅倉は、右京の手で小暮ひとみ（須藤理彩）という女性を殺人容疑で逮捕して欲しいという。浅倉は数年前、とある薬科大学で発生した教授殺人事件の容疑者として取り調べたことがあったが、証拠不十分で釈放。事件はそのまま迷宮入りしたが、浅倉によるとひとみからは自分と同じ殺人犯の匂いがしたという。浅倉は薫に念を押すと再び連行されていく。
そして休職してロンドンにいる右京に電話した薫だが、以前と変わらぬ人を小ばかにしたような態度に怒り心頭。自分ではなく右京を頼る浅倉に対しても腹が立ってきた薫は、現在の勤務先である運転免許試験場に休暇届を出し、ひとりでひとみを調べることに。
まずは死刑囚の浅倉から事件の詳しい状況などを聞かなければならない。が、面会が認められているのは、親族以外では担当弁護士のみ。薫は弁護士のかおり（松下由樹）に相談、その彼女の提案で脱獄事件の際に刑務官の携帯電話を奪ったことを事件として告発。かおりを強盗事件の担当弁護士にし、浅倉との接触に成功する。
かおりが浅倉から聞いたところによると、殺された教授の遺体からはアトロピンという大学関係者なら簡単に入手できる毒物が検出。教授が常用していたビタミン剤の中に毒入りカプセルを忍び込ませたらしい。確かに薬科大の大学院生ひとみなら犯行は可能だが、決定的な証拠はない。改めてひとみを犯人と断定する根拠は？と聞くかおりに、浅倉は「だから言ったろう、匂いさ」と繰り返すだけ…。
一方ひとみを尾行していた薫の目に、突然右京の姿が飛び込んできた。右京はさっそくひとみに接触している。右京はミステリマニアだと自己紹介しつつ、教授殺害に使われたアトロピンが採れる植物を教えて欲しいと近づく。そんなひとみが右京を案内したのは、薬用植物園に咲くベラドンナの前。「美しい淑女」という意味があるベラドンナを前に、さりげなく自分の推理を披露する右京。
実は右京が帰国したのは美和子の仕業だった。薫に内緒でメールを送っていたらしい。面白くない薫だったが、こうなっては仕方ない。右京とともにかつての特命係コンビを復活。ひとみの周辺捜査に乗り出すが、その矢先ひとみの不倫相手の交易会社重役・真鍋がアトロピンで死亡するという事件が発生する。
右京と薫はひとみを訪ね、刑事であることを明かした上で、真鍋との関係について聞き出す。その話の中でなぜかひとみは右京と薫に真鍋の死因について訪ねてこない。右京はそのことについて追求するが、ひとみはそ知らぬ顔。右京と薫は釈然としないまま、調査を続ける。すると警視庁・官房室長の小野田（岸部一徳）から真鍋と同じ親睦団体に属していた佐川という建設会社の幹部が変死体で見つかったという情報を得る。しかも佐川もひとみと不倫関係にあったという。
いよいよひとみが疑わしくなり、右京と薫はあらためてひとみを訪ね、一連の件について追求する。するとひとみはあっけなく「あたしがやりました。みんなあたしが殺しました。」と自白する。そして服を着替えにリビングを出て自分の部屋に戻るひとみ。しかしなかなかリビングに戻らない。不審に思った二人はひとみの部屋のドアをこじ開け中に突入する。すると、なんとひとみがベッドに仰向けに横たわっていた。
救急病院に担ぎ込まれたひとみ。何とか命に別状はなかったが、目を覚ましたひとみは自白したことに関して「でたらめです！」と言い放つ。そのことを聞き、あっけに取られる右京と薫。「だったら俺がもう一度吐かせてやりますよ！」と意気込む薫。一方、右京は「少し冷静になってください。彼女の思う壺ですよ。」とあくまでも冷静沈着。しかしさすがに目の前で自殺未遂を図られてしまった責任は重く、二人は監察官に呼び出されてしまう…。
第2話『特命係復活』 （2003年10月15日放送）
右京（水谷豊）と薫（寺脇康文）の追及に犯行を自供したひとみ（須藤理彩）が、直後に服毒自殺を図った。幸い一命を取り留めたが、勝手な捜査でひとみを追い詰めたと判断された右京らは処分が下るまで謹慎するよう命じられる。「謹慎か…」。さすがの薫も肩を落とすが、なぜか右京は闘志満々。「売られた喧嘩は買います、そして必ず勝ちます」。右京は命令を無視し、ひとみにお詫びと言いながら花束を手渡す。しかしそれは新たなる宣戦布告だった…。
改めてひとみの周辺を調べた右京らは、ひとみの母親が７年前に病死していたことをつかむ。ひとみの父も愛妻家だったらしく家族関係は良好だったようだが、なぜかひとみの部屋にはひとみと父親の写真しかなかった。愛妻家の父が亡き妻の写真を飾らないわけがない。どうやらひとみはファザコンで母親にヤキモチを焼いていたらしい。
ひとみの母の墓が荒れ放題になっていることがわかった。右京らはひとみと会い、母親の写真を飾らないわけなどを単刀直入に質問。「母とあたしはうまくいっていました！」。珍しくひとみが語気を荒げたそのとき、ひとみの通報を受けてやってきた伊丹（川原和久）に連れ出されてしまう。いよいよクビも覚悟しなくては…。さすがに観念する薫だったが、後戻りはできないと捜査を続ける右京にとことん付き合う決意をする。
なぜひとみの母親の墓が荒れ放題なのか？母に嫉妬していたひとみはともかく、愛妻家だった父親が墓参りを欠かすはずがない…、しかもひとみはつい最近まで父は日本にいた、と言っていた…。さらに母の写真を飾らないひとみを、父は許すのだろうか…。右京はそれらの疑問から、ひとみの父親の存在そのものを疑い始める。
そして、ひとみの父・小暮慶介の周辺を調べ始めた右京と薫。背に腹は変えられぬと薫は生活案全部の角田課長（山西惇）に慶介の渡航履歴を聞き出す。ひとみは「父親は海外に出掛けている」と言っていたが、平成十年のブラジルからの帰国以来、慶介の渡航記録はなかった。さらに慶介が教鞭を執っていた大学の総務課で既に慶介が大学を退職している事実が判明。慶介の存在そのものが怪しくなっていく…。
右京と薫は懲りずにひとみの家を訪ねる。さすがに怒り心頭のひとみだったが、右京は構わず今回の事件の犯人は父親・慶介なのではないかとひとみに追求する。「違う！」と動揺するひとみ。
そして翌日ひとみが自宅に帰ると、なんと玄関先に慶介の靴が脱いである。さらにリビングには旅行鞄とジャケットがある。そしてサッと逃げる男の人影…。「パパなの…？」父親の幻覚まで見え出したひとみは慶介とツーショット写真を撮った別荘へと行く。そして地下にあるワイン貯蔵庫へ向かう。「パパ…」と小さく言い、ひとみは貯蔵庫の中にある安楽椅子に近づいた。そこには男が座っていたが、その男はなんと着衣のままミイラ化した慶介だった！
そこに右京と薫があらわれた。「…なるほど。これではお父様の存在が希薄な筈ですね。」と右京が言う。そしてひとみはついに父親への想いを語り出す。ひとみは父親を想うあまり、父親を毒殺させてしまった。さらに付き合っていた男はすべて父親ではなく、偽者だったから殺したとも…。しかし慶介の定期入れに、幼いひとみを慶介が抱き、母親が寄り添っている写真が挟んであったことを知ると、ひとみは涙を流す…。
事件は一件落着した。そして特命係の入口の壁には新たな『特命係』のプレートが貼られる。「やはりここが一番落ち着きますねえ」と言いながら椅子に座る右京。薫は「特命係が落ち着くなんて、どうかしてンじゃありませんか？」とあきれ顔。そんな時、薫の携帯にかおりから連絡が入る。なんと浅倉が脱走したという。しかも断崖絶壁から投身自殺をしたところも目撃されたらしい。しかし遺体は上がってこない。特命係に以前の風景が戻ってきた途端、謎めいた浅倉の末路。浅倉は本当に死んでしまったのだろうか、それとも…。
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