女性でありながら異例の若さで大学病院の助教授にまで登りつめた加藤は教授選の武器となる論文を書くために、朝田に”バチスタ手術”をしないかと持ちかけた。その手術は、心臓外科医にとって最高峰の技術を要すると言われるもの。一年前にＭＳＡＰで朝田の天才的な腕を見た加藤は、朝田にバチスタ手術をさせようと、スカウトに来たのだった。その場に居合わせた同じチームの看護師であった里原ミキ（水川あさみ）も、朝田に、この話を受けるよう説得する。そして、朝田は心臓外科の頂点とも言えるバチスタ手術に興味を示し、再び医師に戻ろうかと思い始めた。
明真大学付属病院では、研修医の伊集院登（小池徹平）が患者よりも教授の顔色を伺ったり、手術の腕より製薬会社の接待を受けたりすることを大切とする大学病院のやり方に苦悩の日々を送っていた。そんな彼の気持ちをよそに、胸部心臓外科の助手、木原毅彦（池田鉄洋）は合コンや製薬会社の接待の毎日。
ある日、朝田は総回診中の野口賢雄教授（岸部一徳）と出くわす。他の医局員と違い、教授をものともしない朝田の態度に野口は不信感を抱く。その後、朝田は循環器内科講師の藤吉圭介（佐々木蔵之介）が外科医ともめている現場に遭遇。さらには朝田の前に呂律の回らない救急救命部（ＥＲ）の麻酔医、荒瀬門次（阿部サダヲ）がふらふらと現れる。朝田は一目でそれが吸引麻酔薬で酔う遊びだということに気付く。そこへやってきた救急救命部教授の鬼頭笙子（夏木マリ）は朝田の名を聞いて、彼のかつての経歴に思い当たる。
その夜、加藤は野口とともに医師会の行われるホテルで北日本大学病院胸部心臓外科の次期教授候補に目される霧島軍司（北村一輝）と会う。霧島と加藤は恋人同士で、ともに将来日本の心臓外科界を背負って立とうと誓い合う仲。加藤は霧島に、かつて北日本大学病院にいた朝田のことを話したが、霧島は知らないと言う。しかし、バチスタ手術をさせるために朝田を明真大学付属病院に呼んだと聞いた霧島は、何故かふと真顔になる。
そんな中、交通事故で胸部を強打した急患が真育病院から救急車で運ばれてきた。患者のエコー写真を見た木原は心タンポナーゼを起こしていると診断。伊集院を連れて、手術室へ向かう。朝田は心タンポナーゼだけではあそこまで悪化しないと言うが、伊集院は真育、別名「死に行く」の患者だからいいのだとつぶやく。真育病院は保険点数稼ぎのためにギリギリまで患者を引きとめ、手遅れになると院内死亡率を上げないよう、明真に送り込んで来る。つまり、死なせていい患者だというのだ。
木原のオペの最中、患者は心停止。彼は伊集院に胸を閉じておけと指示する。だが、そこへ手術着姿の朝田が入ってきて、手術続行と心臓マッサージ開始を告げる。激怒する木原をよそに、朝田は心タンポナーゼ以外に心停止の原因があると言い、メスを握った。露出した心臓を手でつかんだ彼は、ゆっくりと、やがて激しくもみ始める。
やがて、心拍モニターが揺れた。患者が蘇生したのだ。わずか５分で開胸から出血部の縫合まで済ませた朝田の腕に、加藤も木原もただ驚くばかり。だが、木原は執刀医を差し置いて勝手な手術をするなどもってのほかだ、野口教授に報告すると息巻く。
患者よりも医局の秩序が大事だという大学病院の体質を改めて目の当たりにした朝田は医者を辞めようと決意して海辺のアパートへ戻り、加藤とミキは引き止める。と、そのさなか、ミキが倒れた。呼吸が停止し、救急車を呼んでいる時間はない。すると、朝田は加藤の胸ポケットのペンを手に取った。それを２つに折った彼は鋭くなったペンの切っ先をミキの肋間に突き立てる。胸壁に穴を開けて空気圧を逃がし、肺を膨らませるという、救命療法だった。
ミキは無事に息を吹き返し、朝田は彼女を新しいチームの一人目に任命。病院に戻った朝田は加藤に、自分のチームを作るために医局がどうなろうと知らないと言い、明真に残ることを宣言する。そんな二人の様子を憎悪に満ちた顔の霧島が遠くから見つめていた…。
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