昏睡状態の久遠に付き添っていたあすかは、ジョーカーを名乗る男から呼び出されたこと、久遠が、片桐冴子（りょう）や宮城夏樹（丸山智己）を殺した犯人がわかるかもしれない、と言っていたことを伊達に伝える。
久遠が使う鑑識課倉庫に戻った伊達は、そこで科捜研から届けられた封筒を見つける。中は空だったが、久遠が何かしらの情報を得たことがわかった。
そんな頃、あすかがパソコンで、夏樹が残したCD−ROMを見ていると、井筒将明（鹿賀丈史）が背後に立っていた。井筒は、警察OBの大物の名前が羅列されたなかにある数字に興味を示すが、あすかはそれが何かは知らない、と返答。すると、井筒はあすかの安全のため、CD−ROMを預かると言う。あすかは、井筒の隙をついて、ケースだけを渡す。
その後、伊達は、滝川美菜（鈴木凛）に頼み、久遠が科捜研に依頼していたDNA鑑定の報告書を入手。それを見た伊達は、言葉を失う。
報告書を手にした伊達は、三上国治（大杉漣）のバーにやってくると、迎えた三上に、冴子を殺した犯人がわかったと告げる。当初、犯人は警察内部にいると思われたが、犯行現場から採取されたDNAは、現場にいた捜査員のものだけだった。そのため、警察関係者以外の犯行かとも思われたが、久遠が警察OBまで対象を広げてDNA鑑定を依頼したところ、驚べき結果が出た。結果を記した報告書にあったのは、三上の名前だった。伊達は、三上が夏樹と冴子を殺したのだろう、と言う。
現場で採取されたのは、三上の毛髪だった。伊達からそう聞いた三上は、自分がそこにいたことは証明できても、犯行に及んだ証拠にはならないだろう、と言い逃れるように答える。そして、伊達が困惑した一瞬の隙を縫って麻酔銃を取り出すと、発砲した。その場に倒れ込む伊達に、自分にはまだ仕事が残っていると言って、店を出ていく。
その後、覚醒した伊達は、井筒を呼んで拘束を解いてもらうと、その足で久遠の病室を訪ね、付き添っていたあすかに三上のことを話す。
捜査一課では、三上確保のための捜査会議がはじまった。井筒は、来栖淳之介（平山浩行）らに、三上の経歴と交友関係を当たるよう指示。刑事たちが一斉に散らばっていくなか、CD−ROMを持っていて身に危険が及ぶ恐れのあるあすかには、待機を命じる。
井筒は、伊達を別室に呼ぶと、三上がCD−ROMの内容に関して言及していたかと聞く。「UNDERGROUND V（アンダーグラウンド ファイブ）」に関係しているとは知っていたようだ、と答えた伊達は、三上も一員だという「UNDERGROUND V」がどんな組織なのか、と聞く。井筒は、それはいわば「裏の警察」で、警察が国家警察だった頃に発足したといわれるものだと説明。巨悪な事件を極秘に扱ってきたが、警察の民営化によって壊滅したはずだったが、警察OBの手によって復活したと噂されていたという。井筒は、警察の裏金が流れている「ジョーカー」という組織と、CD−ROMの最後のページにあった数字の羅列が、一連の事件のカギを握っているのではないかと推測する。と、そこへ、刑事部長の坂崎（小木茂光）から連絡が入り、三上から身を守るため、CD−ROMとともにあすかを青葉東署に移送するよう指示が出る。
あすかは、早速、迎えの車に乗り込むが、途中で道が違うことに気づく。運転手にそのことを告げると、運転手は無言で銃を向け、発砲した。それは、三上だった。
その頃、久遠を見舞った伊達は、病院の壁に貼られた世界地図に目をやる。そして、それを見つめるうちに、あることに気づく。
その後、捜査一課に戻った伊達に、井筒は、あすか移送のニセ情報を流したのは坂崎だったと告げる。坂崎は、三上の後輩で、世話になった三上の頼みを聞いたのだろう、と言う。
そんな井筒に伊達は、三上が「UNDERGROUND V」に入って守ろうとしていたものがわかったと話す。「ジョーカー」とは、立件できない事件の容疑者を裁いてある場所へ連れて行き、行方不明として処理する、いわゆる"神隠し"のことだと言う。そして、日本地図を広げると、CD−ROMにあった数字の羅列が、座標の表記だと指摘。現在の地図からは意図的に消されているが、座標が示す場所に実は島があり、そこに私設刑務所があるというのだ。
同じ頃、三上の自宅に連れてこられたあすかは、三上が、夏樹らを殺すに至るまでの経緯を聞く。それは、25年前、三上の妻子が殺害されたことからはじまった。妻子を殺した容疑者はすぐにわかったが、決定的な証拠が出ずに時効を迎えてしまった。そんなときに、警察OBから声がかかり、警視庁地下５階という、実在しないはずの部屋に招かれた。そこで、警察に裏の顔があることと、「ジョーカー」の存在を教えられたのだ。「ジョーカー」の最初のターゲットはその容疑者で、任務を遂行した三上は「これは、自分のような被害者遺族の救いになる」と感じたという。しかし、やがて夏樹が「ジョーカー」の全貌を明らかにしようと動きはじめた。三上は、「ジョーカー」を守るために、夏樹、さらには冴子も殺害したのだった。そんな三上にあすかは、伊達も「ジョーカー」に関わっているのか、と聞く。それを否定した三上は、本題に入ろうと言うと、自白剤入りの注射器を取り出す。あすかに、CD−ROMの在りかを言わせるためだ。 CD−ROMがなくなり、証拠が消されれば、自分の役目は終わるのだ、と三上は言う。
一方、伊達の話を聞いた井筒は、伊達も「ジョーカー」なのでは、と思い当たる。もし自分の推測が正しければ伊達を逮捕しなければいけないという井筒に、伊達は覚悟はできている、と答える。
そんな頃、三上は久遠の病室に現れると、久遠のベッドの間に手を入れて、CD−ROMを取り出す。と、その手を久遠がつかんだ。三上はその手を離し、自分を裁けるのは伊達だけだ、と意味深な言葉を残して病室を後にする。
三上宅で発見されたあすかは、伊達や来栖らによって救出され病院に搬送された。
あすかを来栖に託した伊達は、車で迎えに来た久遠とともに、三上がいると思われる埠頭に急ぐ。伊達は、三上は「ジョーカー」の任務を与えられた日からずっと自分を責め続けていたのかもしれない、と久遠に話す。
埠頭の付近で車を降りた伊達は、ゆっくりと歩いていく――と、三上がいた。歩きながら伊達は、幼少時代に不幸な事件に遭った自分を、見守り育ててくれた三上のことを考えていた。伊達を認めた三上は、自分のこめかみに銃を突きつけた。それと同時に、伊達も麻酔銃を構え、すばやく発砲した。
その後、麻酔から覚めた三上に伊達は、自殺するつもりはなく、私設刑務所のある島で生きて罪を償うつもりだったのでは、と語りかける。三上は、自分の犯した罪は、自殺では軽すぎると思っていた、と明かす。
んなとき、パトカーのサイレンが聞こえてきた。三上は、自分を刑務所に入れるつもりか、と驚くが、伊達は「法で裁ける者は法で裁く」と答える。三上は伊達に、夏樹らの殺害は組織とは無関係で自分の一存でやったことだから、"神隠し"を止めないでくれと頼む。そう言うと、パトカーから降り立ったあすかの前に行き手錠をかけられる。あすかが三上に乗車を促したとき、井筒が三上を二発殴る。殺されたふたりの分だ、と言うのだ。
1ヵ月ほど後、冴子の墓参りに来た伊達は、そこであすかに会う。キャリアのあすかは、事件後、警察庁へと異動していたのだ。伊達と言葉を交わしたあすかは、最後の質問だといって、伊達もジョーカーのひとりだったのか、と尋ねる。答えない伊達に、自分は自分のやり方で悪と戦っていく、と宣言する。
捜査一課では、来栖ら刑事たちが退職する井筒の別れを惜しんでいた。井筒とふたりになった伊達は、なぜ自分の辞表を受け取らなかったのか、と尋ねる。井筒は、それが自分の最後の仕事だと言って笑顔を見せた。自分の罪を見逃すのか、と食い下がる伊達に、人を裁くことで自分を罰しているのだから、それで十分だと答える。そんな井筒に伊達は、地下に潜る気か、と問いかける。裏組織の一員だった坂崎と、三上を逮捕はするが組織までは追求しない、その代わりに自分を組織に入れるように、と取引きしたのではないか、組織の謎を解明するため、あえて潜入しようとしているのではないか、と。しかし、井筒は答えない。
その後、伊達が久遠に呼ばれ、法では裁けない容疑者がいると報告を受ける。「俺たちがやるしかない」と言う久遠に、伊達は、決意の表情を見せた――。
各話あらすじ
第1話 2010年7月13日「2つの顔をもつ刑事…凶悪な真犯人を闇で裁く」
第2話 2010年7月20日「保険金殺人に隠されたワナ」
第3話 2010年7月27日「偽装されたストーカー殺人」
第4話 2010年8月3日「無差別殺人に隠されたナゾ」
第5話 2010年8月10日「金の亡者…女弁護士の非情」
第6話 2010年8月17日「子供の虐待…救えない命…」
第7話 2010年8月24日「模倣犯現る…間違った正義」
第8話 2010年8月31日「衝撃の死…伊達最大の危機」
第9話 2010年9月7日 「時効…真実に怒りの裁き!」
最終話 2010年9月14日「神隠し…解き明かされる謎黒幕は?衝撃の結末」
特別編 2010年9月21日「伊達、最初の事件」
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