事件後3日が経っても、冴子を殺した犯人の目撃情報すら出てこない。井筒将明（鹿賀丈史）らは、プロの犯行だと断定。警察官の犯行の可能性もあると聞いた宮城あすか（杏）は、言葉を失う。
そんな折、5年前に時効が成立した事件の遺族が、新たな手がかりを見つけたと言ってやってくる。それは20年前、当時大学生の娘・美咲（森口彩乃）を殺害された母・小原節子（梅沢昌代）だった。節子が持参したのは、美咲が亡くなる1ヵ月前に20年後の自分に向けて書いた"未来郵便"で、そこには、「S先生と自分はどうなっているんだろう」と書かれていた。節子は、そんな人物を知らないが、その者が犯人に違いないと感じていると言う。時効直前、その事件を追っていたのは冴子だった。捜査資料に冴子の名前を見つけた伊達は、時効度外視で事件を追うことを決める。
その後、伊達と久遠健志（錦戸亮）が、「S先生」について調べていると、美術教師の鈴川孝太（佐野史郎）という人物に行き当たる。
同じ頃、あすかは夏樹が貸し金庫に預けていたCD-Rを開けずにいた。思いつくままにパスワードを入力するが、どれも合致しない。久遠に助けを求めると、一緒にいた伊達が、夏樹の携帯電話のメールにヒントがあるのではないかと言う。そして、削除されていたデータの復元を久遠に依頼する。
後日、鈴川が経営するギャラリーにやってきた伊達は、鈴川に美咲の件を切り出す。すると鈴川は、美咲と付き合っていたことは認めたが、殺害は否定した。そんななか伊達は、鈴川が自分の血液を使って描いたという絵を持ち帰り、久遠にDNA鑑定を頼む。その結果、美咲殺害現場に残されていたDNAと一致することがわかった。
さらに、久遠は、CD-Rのパスワードが「JOKER」であることも突き止めた。伊達、あすかが見守るなか、パスワードを入力すると、パソコンの画面に数字や記号が現れた。それは、警察の機密費が、JOKERという口座に振り込まれていることを示していた。また、次のページには、「UNDERGROUND V（アンダーグラウンド ファイブ）」との表記があり、元警察官たちの名前が書かれた名簿があった。アンダーグラウンド ファイブとは、地下5階を意味する。名簿に名前がある人物が警視庁のOBであることから、警視庁の地下5階に何かあるのでは、とあすかが尋ねる。しかし、警視庁には地下４階までしかないのだ。
地下5階の謎が気になるあすかは、警視庁に行き、地下を調べ始める。とそこへ、井筒が現れた。真実が知りたい、と訴えるあすかに、井筒は重い口を開く――。
それは、5年前、警察内部に不透明な金が流れていることに気付いた井筒は、そのことを夏樹に告げた。正義感の強い夏樹はすぐに捜査を開始し、井筒も情報屋を使い内偵を進めた。ところが、1ヵ月後、情報屋が何者かにより殺害され、その後すぐに、夏樹も同じ手口で殺害されたのだ。井筒は自分たちが探ろうとしていたものが、非常に危険な真実だと確信し、夏樹に事件から手を引くようにと警告した。しかし、真実を追求したい夏樹はそれを聞かず、事件を追ったのだ。自分が無理にでも止めていれば、夏樹は死なずに済んだのかもしれないと、井筒は悔恨の表情を見せた。また、冴子とあすかの身を守るために、夏樹事件の捜査資料を抜き取り、真実から遠ざけようとしたことも明かした。しかし、冴子が殺害された今、必ず犯人を探し出す、とあすかに誓った。そんなふたりのやりとりを、身を潜めて見ている人物がいた。
その頃、伊達は美咲殺害を自供した鈴川を取り調べていた。容疑を全面的に認めた鈴川だったが、時効が成立しているため、不起訴処分となる。しかし、伊達はさらに鈴川の件を調べ、鈴川が複数の生徒にヌードモデルになるよう強制したうえ、裸体を隠し撮りし、脅迫のネタに使っていたことを掴む。美咲もそんな被害者のひとりだったが、卒業を機に鈴川を訴えると言い出したため、殺害されたのだ。しかも驚くべきことに、20年経った今も、鈴川は同じ手口で女性らを脅迫していたのだ。伊達がそのことに言及しても、反省の色すら見せない鈴川。伊達は、そんな鈴川に向かい麻酔銃を発砲した。
一方、あすかは、「JOKER」を名乗る人物からCD-Rと引き換えに、夏樹を殺した犯人を教えると言われ、冴子が殺害された倉庫へやってくる。と、そこへ久遠も現れる。久遠は、フードを被りナイフを持った男が、あすかを追おうとしているのを引きとめた。ふいをつかれ振り返った男に久遠は、「あんたが宮城夏樹と冴子さんを殺したのか」とにじり寄る。そして、こんな真実なら知りたくなかった、と言ったとき、男にナイフで腹を刺される。すると、物音を聞きつけたあすかが駆け下りてきた。あすかを認めた男は、逃走してしまう。
その頃、伊達は、眠らせた鈴川を乗せた車を走らせていた。あすかから、非常事態を告げる電話がかかっていることにも気付かずに…。
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