そんななか、事件を管轄する警察署から捜査一課にクレームが入った。久遠健志（錦戸亮）が、その付近で父親から虐待を受けていると噂される小学生・吉永文弥（渡邉甚平）を自宅に訪ねたからだ。すでに所轄の警察官が父親に会い、虐待はなかったと確認したのに、県警本部の久遠が訪問したことで所轄は体面を汚されたというのだ。結局、減俸に処されたが文弥が虐待されていると確信する久遠は、伊達から携帯電話を借りると、訪問時に文弥に渡した自分の携帯電話にメールを送る。そこで、自分も親から虐待を受けていたこと、それでも友だちにはそれを知られたくなくて誤魔化していたことを明かす。
同じ頃、久遠に父親から虐待されていた過去があったと知った伊達は、文弥の自宅周辺で聞き込みをはじめる。すると、文弥の父親・広之（高杉亘）が、酒グセの悪さで評判になっていることがわかる。久遠は、野球好きの文弥とキャッチボールをするなどして、距離を縮めていた。文弥は、虐待は認めないものの、自分を守ろうとする久遠の存在が心強かった。
その頃、宮城あすか（杏）は、"神隠し"を追う片桐冴子（りょう）の協力を得て、兄・夏樹（丸山智己）殺害事件の真相を突き止めようと動いていた。そのなかで、井筒将明（鹿賀丈史）が、夏樹殺しの容疑者だったという事実を知る。
そんな折、文弥が団地の４階にある自宅から飛び降りて死亡した、との知らせが入る。現場に駆け付けた久遠は、文弥の変わり果てた姿を見て立ち尽くす。そして、あすかが事情聴取していた広之に目をやる――と、広之は、文弥は学校でいじめに遭っていたらしい、としおらしい態度で話していた。そんな広之に久遠の怒りが爆発。いきなり殴り倒すと、さらに馬乗りになって殴ってしまう。
鑑識の捜査の結果、ベランダの手すりにあった両手の指紋と左足の足紋が文弥と一致したことから、自殺の可能性が濃厚となる。
伊達は、署内で謹慎させられている久遠にそのことを報告。久遠は、翌日に自分と野球の試合を見に行く約束をしていた文弥が自殺するわけがない、と反発するが、伊達は、それを示すメールだけでは判断できないし、そもそも広之が虐待していた事実さえ立証できないだろう、と答える。それでも久遠は、広之が文弥を殺害したのは間違いない、と必死に訴える。
その後、伊達は文弥宅を訪ね、再び現場を見ることに。そして、広之の前で、文弥がしたというように、ベランダの手すりをつかみ左足を乗せる動作をしてみせる。左足を乗せたのは左利きだったからか、と尋ねる伊達に、広之はそうだと答える。すると伊達は、文弥は右利きだが、あるプロ野球選手に憧れて、左投げ左打ちに変えていたことを明かす。文弥が久遠に送ったメールに、書かれていたのだ。広之は、右利きでも左足を上げることもある、と反論。伊達も、それ自体が証拠になるとは思わないが、それでも自分には違和感のある事実だ、と明言する。さらに、文弥がスポーツバッグのなかに隠していた複数の酒瓶を見せ、文弥は、広之に酒を止めてほしかったのだろう、と言う。
一方、窃盗団を追っていた来栖淳之介（平山浩行）らは、ついに、犯人と思われる若者３人組を確保する。あすかは、そのうち見張り役だった男を事情聴取。すると男は、文弥がベランダから突き落とされるのを目撃したと証言する。
そんなあすかからの電話を受けたとき、伊達は、埠頭にいた。久遠が独断で広之を制裁し、三上国治（大杉漣）を呼びだした現場に駆け付けたところだった。これで広之を逮捕できる、と言う伊達に、久遠は"神隠し"に遭わせると譲らない。文弥に、幼い頃の自分を重ねていた久遠は、どうしても広之が許せないのだ。伊達は、そんな心情を理解しつつも、自分たちがやっていることは復讐ではないのだ、と諭す。そして、久遠は気づいていなかったが、文弥からのメールの最後に「勇気をくれて、ありがとう」とメッセージがあったことを伝える。虐待に耐える日々から抜け出そうとしていた文弥のためにも、広之ではなく、自分自身の辛い過去を闇に葬るんだ、と説得する伊達。久遠はついに、それを受け入れた。
後日、警察で取り調べを受けた広之は、自分の罪を認め、泣いて謝罪する。
その頃、久遠は、父親・荘平（螢雪次朗）が暮らす介護施設にいた。車椅子に座り介護士に世話される父親の姿を見た久遠は、近寄って声をかけるが、荘平は久遠を認識しない。久遠は、そんな父親の掌に、母親の形見のブローチを握らせると、その場を立ち去る。
そんな日の夜、来栖は捜査一課にやってきた冴子に、どうして5年前のコンビニ強盗殺人事件を追っているのか、と尋ねる。資料によると、当時、伊達と井筒がその事件を追っており、それが、夏樹殺害事件の井筒のアリバイとなっているものだからだ。来栖が事件を知っていたことに冴子が驚くと、来栖は自分も伊達と一緒に事件を追っていたのだ、と話す。そして、井筒が捜査に加わっていたことは一度もない、と驚くべき証言をする。
同じ頃、三上のバーにいた伊達は、5年前のことを思い出していた――。当時、刑事だった三上に呼び出された伊達は、井筒のアリバイ工作をした理由を聞かれていた。井筒はやっていないのに、警察全体が井筒を犯人に仕立て上げているように思ったからだ、と答える伊達に、三上は、夏樹の捜査が打ち切りになったと伝える。そして、警察内部に夏樹殺しの犯人がいるのは確かだが、上層部がそれをもみ消そうとしていること、さらに、自分も井筒が犯人だと思っていることを、打ち明けた。
伊達がそんなことを思い出し、考えを巡らせているとき、バーのドアが開いた。入ってきたのは、井筒で…。
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