望月小太郎（三浦春馬）に“サムライ小太郎”が乗り移るようになって３ヶ月。小太郎を恨む岩永仁（賀来賢人）の企みで名刀・村正を盗んだ容疑をかけられた小太郎は、サムライ小太郎に乗り移られ刀を持ったまま逃走してしまう。そして小太郎の体からサムライ小太郎の魂が抜け出し、二人の小太郎が対峙した。サムライ小太郎は小太郎を嵌めようとした岩永と父の岩永浩三（石黒賢）の偽りを暴くため、そして、子孫である小太郎と話をするために刀を持って逃げたのだった。小太郎はサムライ小太郎になぜ自分のところに現れたのかと聞く。その理由が、過去の事情から誇りを取り戻したいからだと語ったサムライ小太郎は、「義を通せば、誇りは取り戻せる」と、学校の教室に立てこもる。駆けつけた小太郎の父・信二（岸谷五朗）の説得にも耳を傾けず、岩永浩三を学校に連れてくるように頼むサムライ小太郎。信二は浩三を呼びに行くが、浩三は同行を拒否する。
そんななか、あい（杏）は避難ばしごを使って小太郎のもとに乗り込み、サムライ小太郎を小太郎から引き離すために抱きつく。しかし小太郎は元に戻らない！ 覚悟を決めたあいはある方法で、ようやく小太郎を元に戻す。小太郎のことで警察で取調べを受けている剛（城田優）のことを話し、事態を穏便に済ませようとあいは提案するが、小太郎はサムライの思いを汲み、浩三と話をつけると言う。そして、小太郎はあいを連れて、サムライのふりをして教室を飛び出し、警察に追われながら浩三のもとに走る。傷つくことを恐れ、逃げてばかりだった１７年間で、小太郎は初めて自ら無謀な行動をしていた。しかし、途中でひみこ（ミムラ）のもとに立ち寄った小太郎は、「あんたの義の通し方ってなんなの？」と問われ逡巡する。そんな小太郎が出した答え……自分にとっての義の通し方は、一体何だったのか！？
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