そんなある日、小太郎の家の玄関に日本刀が置かれていた。小太郎が抜いてみたところ、なんと真剣だった。父・信二（岸谷五朗）は警察に届けるように言うが、小太郎は刀をひみこ（ミムラ）のもとに持ち込む。ひみこは驚きながらこの刀はサムライ小太郎が仕えていた真田幸村の呪われた名刀「村正」であると見抜く。そして小太郎のもとに来たのには何か意味があると教える。
しかし、実は刀は岩永が置いたものだった。岩永は小太郎に刀を盗んだという疑いをかけようとしたのだ。それを知った岩永の父・浩三（石黒賢）はそんなふがいない息子に激怒しながらも千国学院に出向き、校長（室井滋）に小太郎が家宝の刀を盗んだと訴える。だが、校長も担任のサヤカ（市川実日子）も小太郎の無実を信じ、浩三が嘘をついているのではと疑う。
しかし、小太郎は刀を浩三に届けようとした矢先に刑事に取り囲まれ、銃刀法違反で逮捕されそうになる。と、そのとき小太郎にサムライ小太郎が乗り移り、刀を持って逃げ出してしまった。小太郎のために逮捕を妨害した剛（城田優）は、公務執行妨害で取調べを受けることに。果たしてサムライ小太郎は何をするつもりなのか？！ サムライ小太郎が現れた理由は明らかになるのか？！
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