マルオは、同じく特殊捜査課から派遣された後輩刑事、堀川経一（勝地涼）と取引現場で張り込み。取引相手のマフィアたちが集結してくると、まるで映画のごとくアメリカの刑事が取り囲む。一網打尽と思われたとき、車が爆発。マフィアたちは散り散りに逃げ出した。マルオと堀川が逃げたマフィアを追いかけると、どうやら日本人のボスらしき人物と手下たちに行き会ってしまう。マルオたちの拳銃に対して、相手はマシンガンで応戦しようとした。その窮地を救ったのが奏。奏はマフィアを制圧し、ボスらしき男に近寄るのだが、別人だった。近くに本物がいると走り去る奏を、マルオが追いかけた。
奏とマルオは、最初の取引現場に戻った。すると、マフィアが置き去りにした車の中から人影が現れる。しかし、その人影は女性（由岐）だった。
１週間後、奏は東京にいた。麻薬取引指揮の失敗で作戦から外され、由岐の護送と同時に、上司からはしばらく戻らなくて良いと言い渡されてしまう。
由岐は、大学病院で西岡ゆり（ともさかりえ）の診察を受けるがショックによる記憶喪失にかかっている様子。由岐の隠された記憶を知りたい奏を、マルオは手伝わされることになった。２人は、マンションの一室に保護した由岐を監視。だが、お堅い奏と、ゆるゆるのマルオの相性は最悪。ことあるごとにぶつかってしまう。
マルオの所属する特殊捜査課は、後輩の堀川や舞島ミサ（大塚寧々）、益子礼二（東幹久）、鈴江光男（志賀廣太郎）たちを課長の大友幸三（三浦友和）が束ねている。大友は部下たちに、奏の正式な特殊捜査課への受け入れを発表。マルオは嫌がるのだが、奏とのコンビも正式なものになってしまった。
奏は大友に、ニューヨークで外された自分を特殊捜査課に拾ってもらった礼を述べる。どうやら、大友は奏の亡くなった父親の知り合いらしい。大友は、ニューヨークの取引を妨害されたボスが日本で仕切りなおそうと帰国しているらしいと奏に告げる。さらに、大友は奏の帰国を彼の母、京子（田中好子）に連絡しておいたと話す。バツが悪そうな奏。
奏は、マルオを伴って空き家の前にいた。由岐のマンションを見張っていた不審車両に取り付けた発信機からたどり着いたのだ。奏は、マルオの反対をよそに２人で建物への突入を図る。奏がマルオに作戦を説明しようとすると携帯が着信。なんと京子からだ。仕事中の奏に、京子はマイペースで話しかける。だが、奏も無下には電話を切れない様子。ようやく話し終えた奏に、マルオは相手を尋ねるが答えない。いや、答えられるわけがない。
軍隊＆ニューヨーク市警仕込みの奏の作戦で、２人は突入を決行。２人の犯人制圧に成功するのだが、奏は簡単すぎた作戦に疑問を持つ。
夕方、奏は久々に京子の待つ実家に帰った。勤務中は神経を張り詰めている奏に対して、実家は何とものんびりした雰囲気。ちょうど帰宅した妹のカリン（川口春奈）は兄の帰国を喜びながら突然、彼氏の中谷祥太（吉村卓也）を紹介。それじゃあ、みんなで手巻き寿司パーティー！ と、なりそうな雰囲気から夜の警護があると逃れる奏。
その頃、バンバンと銃をぶっ放す奏の海外流捜査にいらだつマルオが街を歩いていると、数台のバイクが接近。その中の蒲田シゲオ（矢崎広）は「マルオ総長！」と呼びかける。彼らはマルオの暴走族時代の知り合い。マルオは渡りに船と彼のバイクに飛び乗った。
由岐は、奏とマルオの意思に関わらず、自分でも記憶を取り戻そうとしていた。そして、普通に買い物など外出が出来るような暮らしをしたいと望む。翌日、奏とマルオは堀川も手伝わせて、由岐の外出に付き合う。だが、奏は自分たちを監視しているような気配を感じる。
疑問をぬぐいきれない奏は再び空き家を捜査。結果、空き家には確保した2人以外に人物がいたことが浮上。他の特殊捜査課員の協力で、３人目は棚島秀夫（成宮寛貴）と突き止められた。奏たちは棚島を追う事になる。
その矢先、マルオは奏に無断で堀川とともに、由岐と外出。マルオが目を離したすきに、堀川と由岐は棚島に捕らわれてしまった。
マルオからの連絡を受けた奏は、一緒に堀川の恋人、田中真紀（臼田あさ美）を訪ねる。疑い深い真紀は、堀川の行動を把握するため彼の携帯にGPSを備え付けていた。これで、棚島の居場所は特定できた。早速、その場所に向かう奏とマルオ。だが、その途中、勝手に由岐を外に連れ出したことを責める奏にマルオがキレる。言い争いの末、マルオは車から降ろされてしまう。
奏は、一人で現場へ。だが、棚島は複数の銃を所持していて難航してしまう。そこに、マルオが現れた。２人で棚島を追い詰める。棚島は、由岐を知っている様子。しかし、棚島は何者かの口笛を合図に、自ら命を絶った。合図を送った人物は、即座に逃げてしまう。
翌日、由岐は奏に礼を述べる。しかし、由岐を追う組織の挑戦とも思えるものが、奏の部屋に…。
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