ルチアが理人を取り戻すためにメイに対して嫌がらせをしていることを偶然知ってしまった剣人（佐藤健）は、理人に対して怒りをぶつけた。メイを苦しめているのは理人だというのだ。剣人は、理人がルチアの元に戻ればすべてが上手く収まるのだから、その後は自分がメイの執事になって彼女を守る、と理人に告げる。
「今度メイに何かあったら、お前のこと許さねぇからな」剣人は、そう言い捨ててその場から立ち去った。
同じころ、由真（臼田あさ美）ら太陽生たちは、１週間後に学力テストを行い基準点に満たない者を即刻退学にすることを決める。その決定に反発した泉（岩佐真悠子）は、メイとともに戦う決意を固め、メイの学力を向上させるための特訓を開始する。
一方、学園NO.１の超天才児でもあるみるく（吉田里琴）は、ルチアからの食事の誘いを断ってしまう。執事を使って人を陥れるような人間の取り巻きになる気はない、というのだ。ほどなく、みるくと執事の大門（鈴木亮平）の前に、３人の黒服の男が現れる。男たちはみるくの日常生活を監査するためにやってきたのだという。実はみるくは、以前から国内のとある研究所で技術開発に携わっていた。その研究所は、防衛省直轄の機関だという噂があり、大門もその組織の人間らしい。監査役の男たちは、みるくをＭＩ７というコードネームで呼び、問題行動を起こせば研究所に連れ戻す、と宣言した。
メイは、食事も与えられないまま、監査役の男たちに仕事を命じられているみるくのことを心配していた。大門によれば、彼らはみるくが命令どおりに研究に従事することだけを望んでいるのだという。
忍は、メイへの思いを隠そうとしない剣人のことを持ち出し、理人を挑発した。いまの理人はそんな剣人のことが羨ましいのではないか、というのだ。忍は、何も答えようとしない理人に、ルチアが理人を求めて抱きついた場面をメイが見ていることを告げると、こう言った。「彼女を傷つけているのは俺か？それとも君か？」と。
そんな折、教室まで参考書を取りにいくよう命じられた剣人は、そこで作業を命じられていたみるくと、監査役の男たちの話に口を出す。「お前は組織のためのただの道具だ」と、みるくに酷い言葉を浴びせる監査役に反発し、詰め寄る剣人。男は、そんな剣人の腕をつかみ、取り押さえようとした。それに怒ったみるくは、監査役に本を投げつけると、教室を飛び出してしまう。剣人は、監査役の目を盗んでみるくに接触しようとしていたメイとともに、みるくの行方を追った。しかしふたりは、みるくを見つけることができなかった。
メイと剣人が陰＜オンブラ＞寮に戻ると、そこにみるくが待っていた。みるくは、いきなりメイが住んでいた田舎に行きたい、と言い出すと、メイと剣人を乗せたヘリを自ら操縦して仲本家を訪れる。春平（杉本哲太）や秋子（石野真子）たち仲本家の面々は、そんなみるくを温かく迎え入れた。
みるくが学園を脱走したことを知った太陽生たちは、同行したメイと剣人に厳罰を下すことを決定、理人にも単独行動を禁ずると命じた。みるくの捜索および大門の処遇は、監査役たちが行うという。泉は、メイやみるくたちを救うために嘆願書を出そう、とリカや不二子（中別府葵）、凛（忽那汐里）らに呼びかけた。
みるくは、メイと剣人の反対を押し切って、遊園地を訪れる。一度でいいから来てみたかった、といってはしゃぐみるく。みるくは、もうすぐ自分が捕まり、大門とも引き離されてしまうことを理解していた。家族になってくれた大門もいつかはいなくなると思っていたから諦める、というのだ。その言葉を聞いたメイは、みるくの頬を両手で掴み、諦めたらそこで終わりだ、と訴えた。側にいてほしいと思っているなら必死に頑張ろうよ、というメイの言葉に、みるくの目から涙が溢れた。
執事仲間たちの監視下に置かれていた理人と大門は、メイたちの元へ向うことを決意する。根津（姜暢雄）や四谷（丸山智己）、青山（真山明大）らは、そんな理人たちの思いを十分理解していたが、それでもふたりを止めようとした。しかし、理人の決意は揺るがなかった。
理人たちが外に出ると、そこにルチアの姿があった。理人は、大門を先に行かせ、ルチアと対峙した。ルチアは、理人が自分の元へと戻ってくるのならばメイたちを助ける、と提案した。しかし理人は、それを拒否する。
そのころメイたちは、武装した集団に包囲されていた。メイとみるくを守ろうと、たったひとりで男たちと戦う剣人。追いつめられたメイたちの前に現れたのは、傷だらけの大門だった。
理人がメイたちの元に到着すると、すでに武装兵たちの姿はなく、みるくと大門も無事だった。武装兵たちは、突然、引き返してしまったのだという。メイは、理人の姿を見て安心したのか、急に襲われたときの恐怖を思い出して震えだした。それを見た理人は、思わずメイを後ろから抱き締めてしまう。すぐに我に返った理人は、メイから離れて非礼を詫びた。ソフトクリームを買って戻ってきた剣人は、メイたちのようすがおかしいことに気づくが…。
メイは、泉が集めた嘆願書のおかげでお咎めなしとなった。陰＜オンブラ＞に降格されたみるくは、監査を呼んだのも撤退させたのもルチアであることを突き止めていた。
「お前は支配欲の塊だ。でも、私たちは思い通りにならない」みるくは、そうルチアに言い放った。
メイは、みるくに教わりながら、学力テストに向けて勉強を始めた。が、ほどなく新たな事件が起きた。理人がメイを抱きしめたときの盗撮写真が教室中に張り出されたのだ。それを見た剣人は…。
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