バイオリニストのもなみ（前田亜季）を殺害した真犯人が、かつての黒木（内野聖陽）の恋人・杏子（池脇千鶴）を殺害した犯人と同一人物だった。黒木は佐久間（筒井道隆）に再捜査を迫るが、佐久間は拒否。黒木を捜査に引っ張り込み、恥をかかせたことで自分は黒木に勝ったと満足しているらしい。しかし…。もう自分にかまわないで欲しい。苦しげに突き放す佐久間を、黒木は何も言えず怒りの目で見送る。
早苗（遠野凪子）の証言で作成された似顔絵と指紋から、もなみを殺害した真犯人が乙部（内田朝陽）であることが裏付けられた。３年前に杏子を殺害し、八重樫（中村玄悟）という麻薬中毒者に罪をなすりつけ、今回はもなみを殺害。鶴（本仮屋ユイカ）を目撃者として岡林（白井晃）を犯人に仕立て上げた。
乙部を信じていた鶴は岡林逮捕を乙部に教えてしまっていた。黒木を追い詰めたのも自分のせい。責任を感じた鶴は黒木に辞表を手渡すが、黒木は「乙部にだまされたのはみんな同じ」とあっさり破ってしまう。
乙部のマンションを見張る寺田（綿引勝彦）と合流した黒木と鶴。乙部が不在であることを確認すると部屋へ入るが、黒木は乙部の義母からのはがきを見つけると、その義母のもとへ。かつては「乙部醤油」の一人息子として幸せな日々を送っていた乙部だったが、やがて経営が悪化し父親が母親に対して暴力を振るうようになってしまったという。そして、ついに母親は暴力に耐えかね父親を殺害、母も乙部を一人残して自殺してしまった。そんな乙部の幼少期の話を義母から聞かされた黒木は…。
乙部が海外へ高飛びする可能性が出てきた。黒木が日比野（高橋一生）と成田へ向かおうとすると、佐久間が13係の刑事たちを連れて現れた。乙部を容疑者としてその身柄を拘束するという。黒木は直接乙部を逮捕すべく、捜査官を引き連れて成田へと向かおうとする。が、突然意識を失って倒れてしまい…。
実は黒木のコーヒーに睡眠薬が入れてあった。目を覚ました黒木はなぜ自分に逮捕させないと佐久間につかみかかるが、佐久間らは理沙の指示に従っただけだった。理沙は黒木が事件を解決したあとに自殺する、と読んでいたのだ。事実を知った黒木は備品係の部屋で佐久間らとおとなしくしているしかなかった。
Ｑ太郎の巣から早苗が犯人からもらったというペンダントと同じものが出てきた。なぜ、こんなものがＱ太郎の巣に…？もとはといえばＱ太郎は、患者が飼いきれなくなったから、と理沙が持ち込んだもの。ということは、ペンダントはその患者の部屋から拾ったもの？つまり犯人…しかも理沙の患者だった!?
黒木はあわてて理沙へ電話をかけるが、すでに乙部は理沙のもとへ。銃を理沙に突きつけると、どこかへと連れ去ってしまう。
乙部が行くなら「乙部醤油」の工場跡に違いない。
黒木は自分の勘を頼りに佐久間と2人だけで工場跡へと急行する。
気配をうかがいつつ、拳銃を片手に乙部を探す黒木と佐久間。しかし、フイを突かれた佐久間が乙部の銃で足を打たれてしまう。佐久間が無事であることを確認した黒木は、なおも乙部を追うが、やはり佐久間同様銃弾を浴びてしまう。防弾チョッキで致命傷は避けられた黒木だったが、銃弾が首をかすめ大量出血。薄れいく意識の中で黒木は杏子の姿を見つける。
「まだやれるわ」
そんな杏子の言葉に気合いを入れなおした黒木は理沙に銃を突きつける乙部と対峙する。
理沙の言うように人に与えても何も帰ってこない、それどころか殺人犯として死刑になってしまう。自殺した母が言ったとおり、この世界に愛なんかなかったんだ…。自分は理沙にだまされた、だから自分同様死刑になる、という乙部に黒木はもなみの両親、ホームレスの夫に塩むすびを送ったロダンの妻、旋盤工の津田…。今回の捜査に登場した人々の愛のある姿を紹介する。
さすがにショックを受けた乙部は理沙を放すと、銃を自らのこめかみに当てるが、一瞬早く黒木は足につけていた銃で乙部に発砲。今度はその銃で自らのコメカミを打ち抜こうとするが、もう弾が入っていなかった。
「生きていいのか？」
黒木の問いかけに杏子の幻影はしっかりとうなずく。
数日後、退院した黒木はやはり包帯だらけの佐久間と再会。佐久間は13係で実績をあげながらも、「黒木ならもっとうまく…」という頭の中の声に悩まされてきたという。ならば本物の黒木を潰せばいい、それが佐久間の解答だったが、いざ黒木を潰しても逆にそのすごさを実感させられるだけだったという。
「いつか勝ちます」
そう言い残して去っていく佐久間の目はどこか晴れやかだった。そして黒木も井の頭署の備品係として昼間から居眠りをむさぼるのだった。
第1話 2008年7月02日 「ダメ警官登場」 12.5%
第2話 2008年7月09日 「第一容疑者」 10.4%
第3話 2008年7月16日 「目撃者ロダン」 12.0%
第4話 2008年7月23日 「天使の証明」 10.8%
第5話 2008年7月30日 「幻の拳銃」 10.3%
第6話 2008年8月06日 「潜入捜査」 10.9%
第7話 2008年8月13日 「3年前の真実」 6.3%
第8話 2008年8月27日 「鍵を握る女」 12.2%
第9話 2008年9月03日 「真犯人」9.6%
最終話 2008年9月10日 「夏の終わり」
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