井の頭署の新人刑事・鶴（本仮屋ユイカ）と若手バイオリニストのもなみ（前田亜季）が何者かに銃撃された。幸い鶴は一命をとりとめたが、もなみは死亡してしまう。井の頭署には佐久間（筒井道隆）を中心とした精鋭部隊・捜査一課13係による特別捜査本部が設置される。
捜査一課時代の黒木（内野聖陽）の後輩でもあった佐久間は、今や備品係の“ゴンゾウ”に成り下がっていた黒木を捜査本部に加えるよう要請。黒木はのらりくらりと拒否するが、なんとしてでも捜査に加えたいという佐久間は、「それでも捜一のエース、鉄の男と呼ばれた男か」と黒木を殴りつける。惨めな姿をさらす黒木だが、あくまでも捜査本部への編入を拒否する。
精神科医の理沙（大塚寧々）はそんな黒木が歯がゆくて仕方がない。珍しくキツイ調子で「悔しくないの！」と詰め寄ると、黒木は今まで見せたことがない怒りの形相で理沙を追いつめる。
「悔しくないと思うか」
黒木は3年も現場を離れた自分が捜査本部で使い物にならないことを認識していた。
捜査本部のメンバーでかつての同僚の岸（菅原大吉）が備品係の部屋へやってきた。黒木と旧交を温める岸は、一緒に捜査できなくて残念、と本音を漏らす。そんな岸の言葉に珍しく気弱な表情になる黒木。岸はそんな黒木を「俺は好きだよ、備品係の黒ちゃんも」と励ます。そんな2人の様子を遠くから窺う佐久間で…。
鶴が救急車の中で「私のせい」と何度も口走っていたことがわかった。事件の原因が鶴にあるというのか。
病院で意識を取り戻した鶴は、エリート刑事の兄・辰也（村上連）から状況を説明するよう迫られるが激しく動揺。理沙がしばらく鶴の面倒を見ることになる。
「私のせい」ということは、鶴に恨みを抱いている犯人がもなみをも巻き添えにした可能性がある。佐久間らの会話を耳にした日比野（高橋一生）は、自分が覚せい剤中毒で逮捕し最近出所した飯塚（加藤虎ノ介）が怪しい、と佐久間らに進言する。
飯塚逮捕のきっかけは鶴の職務質問だったからだ。捜査本部への編入を希望する日比野は、佐久間の意に反し自ら取り調べたいと直訴。佐久間は黒木が同行するなら、と条件を出す。
仕方なく黒木は日比野と寺田（綿引勝彦）に同行。邪険に扱う日比野に言われるまま、部屋の外で待機していたが、日比野の強引な取り調べに飯塚は逆上。台所の包丁で日比野に襲いかかる。が、包丁は日比野を庇った寺田の背中に。黒木は暴れる飯塚の身柄を確保。しかし飯塚はアリバイが成立、結果的にはシロだった。
黒木を怒らせたことで落ち込む気持ちを告白する理沙に、ようやく心を開いた鶴は事件前後の状況を語り始めた。理沙に呼ばれて鶴の病室で話を聞く黒木。しかし、犯人が先にもなみに対して発砲したことはわかったものの、犯人の容貌など詳しいことは聞けなかった。
それにしてもなぜ鶴は「私のせい」などと口走ったのか。疑問を口にする黒木に鶴は、美人で明るくて才能があるもなみを良く思っていなかったという。
「コンサート、心の中では行きたくないと思ってた。コンサートなんか出来なくなればいいのに、なくなればいいのにって。私がそんなこと思ったから…」。
あとはすすり泣く鶴に沈痛な思いを抱く黒木。
署に戻った黒木は、日比野の失敗に怒りを露にする佐久間に決定的な言葉を投げつけられる。
「穴を埋めろ」
佐久間から缶コーヒーを受け取り、黙って口にする黒木。コーヒーの苦味に顔をしかめながら、捜査本部への編入という苦渋の決断を下していた。
第1話 2008年7月02日 「ダメ警官登場」 12.5%
第2話 2008年7月09日 「第一容疑者」 10.4%
第3話 2008年7月16日 「目撃者ロダン」 12.0%
第4話 2008年7月23日 「天使の証明」 10.8%
第5話 2008年7月30日 「幻の拳銃」 10.3%
第6話 2008年8月06日 「潜入捜査」 10.9%
第7話 2008年8月13日 「3年前の真実」 6.3%
第8話 2008年8月27日 「鍵を握る女」 12.2%
第9話 2008年9月03日 「真犯人」9.6%
最終話 2008年9月10日 「夏の終わり」
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